《指导意见》明确，单独选址建设项目涉及占用耕地的，受资源条件限制，难以做到占优补优、占水田补水田的，可通过补改结合方式，在做到补充耕地数量基础上，结合实施现有耕地提质改造，落实耕地占优补优、占水田补水田。但各类城市建设涉及占用耕地的，不能采取补改结合方式落实耕地占补平衡，而应当按照现行做法直接开垦优质耕地和水田，实现耕地占补平衡，充分发挥耕地占补平衡制度约束作用，倒逼城市挖潜利用存量土地、节约集约用地。
市县国土资源主管部门在申报建设用地时，应对补改结合补充耕地涉及的耕地面积、质量等级、水田等说明清晰，省级国土资源主管部门对补充耕地方案严格审查把关。对于农用地转用需报国务院批准的单独选址建设项目用地，省级国土资源主管部门要在审查报告中说明情况，明确审查意见，确保补充耕地落实。
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