国家海洋督察组在上海市发现的主要问题有：
一是长江口河口海域未及时划界，相关区域未有效纳入海域管理。2012年以来，在长江口区域9个滩涂整治项目、7个新建或扩建港口码头项目、29个采砂项目均未办理相关用海手续，未依法开展海洋工程环境影响评价。
二是个别围填海项目审批不规范、监管不到位。个别围填海项目存在化整为零、分散审批现象。上海市临港物流园区奉贤分区垦南圈围工程等4宗项目，填海面积合计105.58公顷，在建设过程中，4个项目作为整体项目统一招投标、统一施工，将应由国家审批的项目变为地方直接审批。
三是近岸海域污染防治工作存在薄弱环节。近岸海域污染严重。上海市提供了98个陆源入海污染源，与督察组核查发现的148个陆源入海污染源存在差距。沿岸海域长期处于严重富营养化状态，2012年至2016年劣四类水质面积平均比例高达70%。
督察强调，上海市政府应根据《海洋督察方案》要求，结合督察组提出的意见建议，抓紧研究制定整改方案，在30个工作日内报送至自然资源部，并在6个月内报送整改情况。
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