尽管深部探测专项最主要的科学目标是如何获取并加深我们对大陆的结构、动力学和演化的理解，但是通过专项采集的数据和集成的研究成果将带来众多实际应用和社会效益。
减轻地质灾害
西南三江地区和华北平原是地震、火山和滑坡灾害的多发地区。深部探测专项的工作将直接为减轻和评估灾害提供有力数据。这些数据将提高我们对火山喷发的动力作用和对地震产生原因的分析与认识，从而提高我们预测地震减小地质灾害链危害的能力。
资源开发与管理
深部探测专项的数据采集网络覆盖全国，为在不同地区、不同机构工作的深部探测科学家们带来了宝贵的合作与交流机会，是全国地质、地球物理、环境、教育、公共政策和资源评价等多部门多领域合作的一个极好机会。高精度深地震反射技术将给出大陆地壳和沉积盆地的精细构造，矿集区立体填图将给出相对“透明”的矿集区图像，为地质勘查、地下水资源评价、矿产资源、能源等更广泛的综合研究领域提供难得的、宝贵的研究资源。
科普、教育和社会化推广
随着社会对地震、火山、资源和环境问题的关注，正在起步的、以科学探测为基础的深部探测专项计划，是全面加强地学教育的天然工具。深部探测专项鼓励和推动学生参与地质调查、使用真实的探测数据进行科学研究和理论学习。此外，由于深部探测专项将在我国不同地区建立起科学探测的设施，科普教育与推广活动将延伸至社区。通过让公众参与地学研究，深部探测专项将大大推进他们对地学在提高人类生活环境和生活质量方面所发挥的作用的认识。
深部探测专项的科普教育与社会推广计划将包含以下主要方面：
通过媒体（包括网站、电视和宣传册）使广大公众了解深部探测专项的目标和研究成果；
为教学、科研机构和博物馆提供动态采集的数据及研究成果；
整合深部探测数据，为标准化课程建设和专项研究提供教学和科研示范材料。
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