上世纪初，就有人推测深部地层水中有硫酸根细菌存在。上世纪70年代，原苏联在西伯利亚通过大陆超深钻在11600米处发现有厌氧细菌，但被认为是从地面带下去的。1987年，美国为检验深埋地下核废料的安全程度，组织了“地下科学计划”，通过严密防范措施，在地下2800米处发现了活的细菌。上世纪90年代后，石油钻探和大洋钻探分别在北海和太平洋底下深部地层的各类岩样，甚至在玄武岩火山玻璃中都发现了微生物，有时每立方厘米沉积物中竟有1000多万个活细菌。显然，在地壳深部存在一个覆盖全球的深部生物圈。经过框算，地球深部的生物量竟达到地球表层的1/10，占全球微生物总量的2/3。
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